Vanaf 1 juli 1999 werken de Stichting Nederlandse Top 40 en de Stichting Mega Top 100 samen onder de naam Mega Charts BV.
Sindsdien wordt de Top 40 met de computer samengesteld, dit in tegenstelling tot de handmatige samenstelling van de bijna 35 jaar ervoor. Het signalerende segment is eruit en nu worden alleen gegevens achteraf duidelijk.

De Top 40 bevat bovendien sinds 1 juli 1999 voor het eerst airplaygegevens. Vanaf 1 maart 2002 zijn dat de stations Radio 538, TMF, Sky Radio, Yorin FM, 3FM en MTV. Dit betreft airplay onder jongeren van 13 tot 19 jaar.
De verkopen worden over 1 week gemeten, de airplay over 2 weken.

Zowel de verkopen als de airplay wordt in een percentage van de best verkochte resp. meest gedraaide uitgedrukt, de nummer 1 in beide lijsten op 100%.
Het verkooppercentage wordt met 3 vermenigvuldigd en hierbij wordt het airplaypercentage opgeteld. In totaal kun je dus 400 punten halen.

De plaat met de meeste punten staat op nummer 1 in de Top 40. Bij gelijke score staat de plaat met de meeste airplay bovenaan.
Het is nu bovendien ook mogelijk om zonder verkopen, dus op airplay, in de Top 40 te staan. Er is sinds eind 2000 wel een regel dat een plaat pas de week voor release op airplay genoteerd mag staan, die n.a.v. Beautiful day van U2, dat 4 weken op airplay genoteerd stond en vele negatieve reacties opleverde van consument en detallist.

Er zijn echter wat kanttekeningen bij deze manier van samenstellen:

* Als de nummer 1 veel meer verkoopt dan de andere platen, hebben de anderen weinig verkooppunten, waardoor de airplay veel zwaarder gaat tellen.
Wanneer de nummer 2 30% van de nummer 1 verkoopt, krijgt hij 90 verkooppunten. Als hij 90% zou verkopen, krijgt hij 270 punten. De airplaypunten kunnen in beide situaties 100 punten zijn.
Platen zonder airplay staan dan veel lager genoteerd dan bij een nummer 1 met 'normale' verkopen.

* Er zijn een drietal dubieze samenstellingsregels waardoor de Top 40 vertroebeld raakt:
- De superstipregel: De week na een superstip mag een plaat niet zakken. Als een plaat eigenlijk zou moeten zakken, blijft hij staan op de positie van de week ervoor.
- De 2-wekenregel: Een plaat moet minimaal 2 weken genoteerd staan en mag dus na 1 week nog niet weg. Als een plaat de week na binnenkomst eigenlijk onder nummer 40 hoort te staan, wordt hij op 40 gezet.
- De re-entryregel: Een plaat die opnieuw wil binnenkomen, kan dit alleen op nummer 30 of hoger doen. Een recente re-entry tussen 31 en 40 is uitgesloten, waardoor platen die uit de Top 40 zijn verdwenen en opnieuw tussen 31 en 40 staan, onterecht uit de lijst worden gehouden.